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Daichi Mochihashi (持橋大地) daichi <at> ism.ac.jp | by hns, version 2.10-pl1. |
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日時: 1月28日(金) 11:00-12:00
場所: NTTコミュニケーション科学基礎研究所 大会議室 (3F) (アクセス地図)
備考: NTTだけでなく, どなたでも参加できます。ご興味のある方はぜひおいで下さい。
正面玄関の受付で名前を書いていただき, 3Fへ上がって下さい。
Title: Modelling Genetic Recombination with Fragmentation-Coagulation Processes Yee Whye Teh (Gatsby Computational Neuroscience Unit, UCL) abstract: Hudson's model of coalescent with recombination (also known as ancestral recombination graph (ARG)) is a standard and well accepted model of genetic recombination. With the growing amount of population genetics data, demand for probabilistic models to analyse such data is strong, and the ARG is a very natural candidate. Unfortunately, the ARG posits very complex latent structures, and the observed data cannot possibly restrict the posterior to a small space of latent structures. As a result posterior inference in the ARG is highly intractable, and a large number of approximations and alternatives have been proposed in the literature. A large class of alternatives are based on hidden Markov models (HMMs), which can be understood as approximating the tree-structure genealogies at each point of the chromosome with a partition of the observed haplotypes. However due to the way HMMs parameterize partitions using latent states, they suffer from significant non-identifiability issues which can affect the quality of posterior inference. In this talk I will propose a new model for genetic recombination based on Markov processes over partitions called fragmentation-coagulation processes. This model does not suffer from the non-identifiability issues of HMMs though posterior inference is somewhat more complex and requires development of a new auxiliary variable Gibbs sampler for Markov jump processes. I will discuss issues of inference as well as various interesting properties of these processes, and report some preliminary results on applying the model to population genetic data.
ここ1~2日連絡がつかないので確定ではありませんが, 今週金曜日, 28日(金)に
Yee Whye Teh にCS研に来ていただいて, 東京の話とは違う下の講演をしていただく
予定です。
NTTだけでなく, ぜひ外の方にも来ていただけるように現在調整しています。
場所はCS研大会議室, 15:00から(多分)です。
確定次第, すぐにここに情報を載せようと思います。
NTT外からも沢山来ていただき, 多分25〜30人くらいはいたのではないか
と思います。僕も含めて, 刺激になれば良かったのではないかと思います。
現在進行中の話だったのでスライドは公開されないと思いますが, ポイントは
最後に帰る前に所長室で, Gatsbyで以前一緒だった上田さんと研究の話をして いましたが, 正直写真を撮りたいくらいでした。
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